软件企业的税收优惠政策主要有：
一. 增值税即征即退。自2000年6月24日起至2010年底以前，对增值税一般纳税人销售的自行开发生产的软件产品，可在按１７％的法定税率征收增值税后，对实际税负超过3％的部分即征即退。所退税款由企业用于研究开发软件产品和扩大再生产，不作为企业所得税应税收入，不予征收企业所得税。
二. 所得税优惠。在我国境内新办软件生产企业经认定后，自开始获利年度起，第一年和第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税，即“两免三减半”的税收优惠。软件生产企业的工资和培训费用，可按实际发生额在计算应纳税所得额时扣除。
三. 对国家规划布局内的重点软件生产企业，如当年未享受免税优惠的，减按10%的税率征收企业所得税。
四. 对经认定的软件生产企业进口所需的自用设备，以及按照合同随设备进口的技术（含软件）及配套件、备件，免征关税和进口环节增值税。
五. 另外，国家为鼓励我国软件产品出口，外经部和国家税务总局等六部（署）联合发布了《关于软件出口有关问题的通知》，明确软件产品出口后，凡出口退税率未达到征税率的，经国家税务总局批准，可按征税率办理退税，真正实现了出口零税率。
六. 集成电路设计企业视同软件企业，享受相同的税收优惠政策。
企事业单位购进软件，凡购置成本达到固定资产标准或构成无形资产，可以按照固定资产或无形资产进行核算，其折旧或摊销年限可以适当缩短，最短可为２年。
软件企业在运用这些政策时，需要注意以下几个问题：
一. 要经过认定。这里有两层含义：第一是软件产品要经过认定；第二是企业本身资格要经过认定。认定的标准由信息产业部会同教育部、科技部、国家税务总局等有关部门制定。认定机关是地（市）以上软件行业协会或相关协会。实行年审制度，年审不合格的企业，取消软件企业资格，并不再享受优惠政策。
二. 软件和硬件产品一同销售的必须分别核算，分别适用增值税政策。未分别核算或核算不清楚的，按照一同销售的硬件及设备适用税率征收增值税，不予退税。所售产品是不是软件载体，应按有关部门规定执行，没有明确规定的应按硬件销售处理。
三. 既是高新技术企业同时又是经认定的软件企业，企业研制开发费在两种情况下都有税收优惠，可以根据企业的具体情况选择最优惠的政策执行。
